Genomowe Krajobrazy i Klonalnosc De Novo AML

Przeglądając analizę genomowych i epigenomicznych krajobrazów ostrej białaczki szpikowej (AML) przez sieć badawczą Atlas genomu nowotworu (wydanie z 30 maja), uderzyła nas widoczna rozbieżność w raportowanej architekturze klonalnej próbek AML jako w porównaniu z tym opisanym przez Ding i wsp.2 (średnia z jednego do dwóch różnych zidentyfikowanych klonów w porównaniu z czterema lub więcej). Ta rozbieżność może odzwierciedlać ograniczoną głębokość analizy sekwencyjnej przeprowadzonej w najnowszym badaniu1. Co ważniejsze, autorzy nie ujawniają, które mutacje występują w klonie założycielskim, jak można by się spodziewać u inicjatora choroby i które występują klony, które później napędzają chorobę. Na przykład mutacje FLT3, które są obecne w diagnostyce często zanikają w nawrocie, co sugeruje, że mutacje te prawdopodobnie nie będą reprezentować inicjatorów choroby w AML.3 W przeciwieństwie do tego, mutacje DNMT3A obecne w diagno zie wydają się występować wyłącznie w głównym klonie AML, jako byłby oczekiwany w inicjatorze AML, ale nie wydaje się, że stracił (lub rzeczywiście zyskał) na nawrót.4 Takie informacje na temat tych i innych genów umożliwiłyby identyfikację mutacji inicjujących, które mogą służyć jako terapeutyczne pięty Achillesa i biomarkery choroby resztkowej w AML.5 John Brewin, MD Gillian Horne, MD Dr Timothy Chevassut, Ph.D. Brighton and Sussex Medical School, Brighton, Wielka Brytania t. ac.uk Nie zgłoszono żadnego potencjalnego konfliktu interesów związanego z tym pismem. 5 Referencje1. Sieć badawcza Atlas genomu raka. Genomowe i epigenetyczne krajobrazy ostrej białaczki szpikowej noworodków de novo. N Engl J Med 2013; 368: 2059-2074 [Erratum, N Engl J Med 2013; 369: 98.] Bezpłatny, pełny tekst Web of Science Medline 2. Ding L, Ley TJ, Larson DE, i in. Ewolucja klonalna w nawrotowej ostrej białaczce szpikowej ujawnionej przez sekwencjon owanie całego genomu. Nature 2012; 481: 506-510 Crossref Web of Science Medline 3. Nazha A, Cortes J, Faderl S, i in. Aktywacja wewnętrznych tandemowych duplikacji mutacji podobnej do FMS kinazy tyrozynowej-3 (FLT3-ITD) przy całkowitej odpowiedzi i nawrotu u pacjentów z ostrą białaczką szpikową. Haematologica 2012; 97: 1242-1250 Crossref Web of Science Medline 4. Bisling KE, Brewin JN, McGovern AP i in. Mutacje DNMT3A w hotspocie R882 występują tylko w głównych klonach ostrej białaczki szpikowej. Leuk Lymphoma 2013 25 lipca (Epub przed drukiem). 5. Welch JS, Ley TJ, Link DC, i in. Geneza i ewolucja mutacji w ostrej białaczce szpikowej. Cell 2012; 150: 264-278 Crossref Web of Science Medline Odpowiedź Autorzy odpowiadają: Zgadzamy się, że ważne jest, aby zrozumieć, czy mutacje są odpowiedzialne za inicjację AML lub współpracują z inicjowaniem mutacji powodujących progresję choroby lub nawrót.1,2 Podczas gdy mutacje inicjujące mogą częściej poja wiać się w klonach tworzących, współpracujące mutacje mogą pojawić się albo w klonowaniu klonów, albo subklonów pochodzących od klonów tworzących. W naszym badaniu nie było możliwe zdefiniowanie architektury klonalnej dla wszystkich próbek, ponieważ zarówno genomy AML zawierają stosunkowo niewielką liczbę mutacji, jak i dlatego, że dla 150 z 200 próbek wykonano tylko sekwencjonowanie egzome. Niemniej jednak, wykorzystaliśmy dane w Tabeli S6 (dostępne z pełnym tekstem naszego artykułu na stronie), aby zidentyfikować warianty w znacząco zmutowanych genach, które można przypisać z dużym zaufaniem do klonu założycielskiego lub subklonu. Mutacje w niektórych genach pojawiają się niemal wyłącznie w klonach, co sugeruje, że są one inicjatorami chorób. Geny te obejmują RUNX1 (9 z 9 mutacji w klonach tworzących), NPM1 (3 z 3), U2AF1 (5 z 5), DNMT3A (38 z 40), IDH2 (13 z 14), IDH1 (15 z 17), i ZESTAW (5 z 6). W przeciwieństwie do mutacji w NRAS (1 z 12 w klonach założycielskich), TET2 (13 z 18), KRAS (4 z 6), CEBPA (3 z 5), WT1 (3 z 6), PTPN11 (4 z 8), i FLT3 (6 z 13), często występują w subklonach, co sugeruje, że często są to mutacje współdziałające. Wiele dodatkowych genomów będzie musiało zostać przetestowanych, aby te wstępne zadania były bardziej ostateczne. Christopher A. Miller, Ph.D. Richard K. Wilson, Ph.D. Timothy J. Ley, MD Washington University, St. Louis, MO edu Od czasu publikacji artykułu autorzy nie zgłaszają żadnego potencjalnego konfliktu interesów. 2 Referencje1. Welch JS, Ley TJ, Link DC, i in. Geneza i ewolucja mutacji w ostrej białaczce szpikowej. Cell 2012; 150: 264-278 Crossref Web of Science Medline 2. Ding L, Ley TJ, Larson DE, i in. Ewolucja klonalna w nawrotowej ostrej białaczce szpikowej ujawnionej przez sekwencjonowanie całego genomu. Nature 2012; 481: 506-510 Crossref Web of Science Medline (6) [więcej w: Usługi stomatologiczne, endokrynolog kielce, podologia ]

[patrz też: szamba betonowe bielsko biała, namiot magazynowy, amiodaron ]
[hasła pokrewne: syrop pneumolan, reumed lublin, pci medycyna ]